For at sætte MTU er det bedst at gøre det efter interfacet er kommet up, og det gøres ved at lave en post-up i på interfacet i /etc/network/interfaces.
Her er hvad jeg gør:
iface eth0 inet static address 10.2.2.3 netmask 255.255.255.0 network 10.2.2.0 broadcast 10.2.2.255 gateway 10.2.2.1 dns-nameservers 8.8.8.8 dns-search generalfailure.dk post-up ifconfig eth0 mtu 1200